"Спартак" (Москва)
Мясо, Мясные - в 20-х годах команда представляла мясокомбинат и называлась "Пищевик". Свиньи, Свинарник - развитие "мясной" темы
СпаМ, СпаМеры - сокращение от "Спартак Москва". Рабы - Спартак - предводитель восстания рабов в Римской империи. Оттуда и пошло.
"Динамо" (Москва)
Мусора, Мусорня и т.д — В советский период команда принадлежала МВД. Общеупотребительное неформальное название сотрудника милиции - "мусор" распространилось и на "милицейскую" команду.
П.3: ПЛРФ (Признанный Лидер Российского Футбола).
ЦСКА (Москва)
Кони, Конюшня - На месте клубного стадиона на ул. Песчаная (сейчас строится новый) когда-то располагались конюшни московского Ипподрома.
C$KA - Слегка переделанный английский вариант названия команды. Намек на огромные (по российским меркам) суммы вложенные в эту команду в сезонах 2002 г. и 2003 г. и методы, с помощью которых она рвется к чемпионству.
"Локомотив" (Москва)
Лохи - банальная замена буквы "к" на "х" в названии клуба.
Паровозы - "Локомотив" принадлежит ОАО РЖД.
Пятое Колесо - историческое прозвище клуба.
"Зенит" (Санкт-Петербург)
Бомжи - Все из-за их первых выездюков еще в конце 70-х - начале 80-х: пьяные весь выезд поголовно, денег на десятерых 10 копеек, да и грязные с ног головы, как дети Зимбабве. Речь идет об их выездах в Москву. Собственно, именно болельщики Спартака и ЦСКА дали им такое "отзывалово". Плюс в 90-х годах команда болталась между высшей и первой лигой, т.е. "не имела постоянной прописки".
Мешки - после чемпионского для Зенита 1984 г. в Ленинграде был налажен массовый выпуск пластиковых пакетов с логотипом клуба (у других клубов такого не было). Многие болельщики команды брали такой пакет ("мешок") на выезды. Отсюда и прозвище.
Болельщиков "Зенита" еще называют "крысами" (да, да, их, а не только самарскую команду), но откуда это пошло, не помню.
"Сатурн" (Московская область)
Инопланетяне - развитие "космической" темы, присутствующей в названии команды.
"Крылья Советов" (Самара)
КрыСы - сокращение по нескольким первым буквам двух слов названия.
Прокладки - Развитие прозвища "Крылышки". Намек на навязчивую рекламу женских прокладок с крылышками по ТВ.
"Рубин" (Казань)
Рубины - от названия команды
Татары - Казань - столица республики "Татарстан"
"Амкар" (Пермь)
Навоз - заводская, основана в ОАО "Минеральные удобрения", название команды состоит из сокращений слов "Амиак" и "Карбонит".
"Москва" (Москва)
Кепки - с оглядкой на то, что команда рядом была связана с мэром Москвы Юрием Лужковым, который очень любит ходить в кепке. Конкретнее про связь Лужкова и "Москвы" не расскажу.
"Спартак" (Нальчик)
Кавказские свиньи - с ориентиром на прозвище московского "Спартака"
Анальчик - тут, думаю, объяснять не надо)
Зверьки - с ориентиром на фанатское "гостеприимство" болельщиков нальчикской команды.
"Терек" (Грозный)
Зверьки - пояснялось выше
"Шинник" (Ярославль)
Шина, Покрышки - комплектование команды велось на базе шинного завода.
"Луч-Энергия" (Владивосток)
Приморцы - по местоположению
"Томь" (Томск) - к сожалению, не знаю.
"Химки" (Московская область) - та же фигня)
"Торпедо" (Москва)
Педо, Педики - сокращение от слова "Торпедо".
НужникИ - Намек на прозвище спорткомплекса Лужники (см. Нужники), которому принадлежит команда, и в котором она проводит свои домашние матчи.
СКА (Ростов-на-Дону)
"Кони", Пони - маленькие "кони" (с оглядкой на московский ЦСКА).
"Ростов" (Ростов-на-Дону)
Свиньи - В Ростове существует две команды - "Ростов" и СКА. СКА по понятным причинам зовутся "конями" и враждуют с "Ростовом", болельщики которого достаточно неплохо ладят с фанатами московского "Спартака".
"Черноморец" (Новороссийск)
Прозвища Бело синие, Моряки.